ในปี 2551 คณะกรรมการกฤษฎีกา วินิจฉัยปัญหานี้ ก่อนชี้ว่า "การปลดข้าราชการทหารออกจากประจำการ จะต้องเป็นข้าราชการทหารที่ประจำการอยู่ หากพ้นจากราชการแล้วก็ไม่อาจปลดออกจากประจำการได้โดยสภาพ
ดังนั้นในกรณีที่กระทรวงกลาโหมพิจารณาเห็นว่า สามารถดำเนินการปลด พลเอก นิพนธ์ ออกจากประจำการได้ ก็จะต้องมีคำสั่งปลดออกจากประจำการ โดยให้มีผลย้อนหลังไปถึงวันสุดท้ายของการรับราชการ
ส่วนเรื่องการถอดยศทหารนั้นเป็นเรื่องที่กระทรวงกลาโหมสามารถดำเนินการได้ตามมาตรา 7 แห่ง พ.ร.บ. ว่าด้วยวินัยทหาร พ.ศ. 2476 ประกอบกับข้อ 2 แห่งระเบียบกระทรวงกลาโหมว่าด้วยผู้ซึ่งไม่สมควรจะดำรงอยู่ในยศทหารและบรรดาศักดิ์ พ.ศ. 2507 แม้ พลเอกนิพนธ์ฯ จะพ้นราชการไปแล้ว"
แต่สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหมเห็นว่า ในทางปฏิบัติยังไม่ได้ข้อยุติ
เพราะยังมีปัญหาว่า จะปลดพลเอก นิพนธ์ฯ ซึ่งเกษียณอายุราชการไปแล้วออกจากราชการย้อนหลังได้หรือไม่ ด้วยกฎหมายใด
อีกทั้งการปลดนายทหารชั้นนายพลออกจากประจำการและถอดออกจากนยศทหาร การดำเนินการต้องนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ และจะเป็นการมิบังควรหากต่อมามีการอุทธรณ์ต่อกรณีดังกล่าว จึงมีความจำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องพิจารณาให้เป็นไปด้วยความถูกต้องและรอบคอบ
ว่าแล้ว เพื่อให้สิ้นข้อสงสัย สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม จึงส่งเรื่องกลับมาหารือคณะกรรมการกฤษฎีกา เป็นครั้งที่ 2 เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2553 โดยตั้งคำถาม 2 ประการ ดังนี้
1. "...ในกรณีที่กระทรวงกลาโหม พิจารณาเห็นว่า สามารถดำเนินการปลดพลเอก นิพนธ์ฯ ออกจากประจำการได้ ก็จะต้องมีคำสั่งปลดออกจากประจำการโดยให้มีผลย้อนหลังไปถึงวันสุดท้ายของการรับราชการ..." นั้น กระทรวงกลาโหมต้องใช้ดุลพินิจเองว่า หากเป็นความผิดที่อยู่ในเกณฑ์ปลดออกจากราชการ ต้องปลด พลเอก นิพนธ์ฯ ออกจากราชการและให้มีผลย้อนหลังไปถึงวันสุดท้ายของการรับราชการ แม้ว่าจะไม่มีกฎหมายบัญญัติให้อำนาจกระทรวงกลาโหมไว้ใช่หรือไม่
2. "...ส่วนเรื่องการถอดยศทหารนั้น เป็นเรื่องที่กระทรวงกลาโหมสามารถดำเนินการได้ตามมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติว่าด้วยวินัยทหาร พุทธศักราช 2476 ประกอบกับข้อ 2 แห่งระเบียบกระทรวงกลาโหมว่าด้วยผู้ซึ่งไม่สมควรจะดำรงอยู่ในยศทหารและบรรดาศักดิ์ พ.ศ.2507 แม้ พลเอก นิพนธ์ฯ จะพ้นราชการไปแล้ว" นั้น กระทรวงกลาโหมสามารถดำเนินการถอด พลเอก นิพนธ์ฯ ออกจากยศทหารได้โดยไม่ต้องรอผลทางคดีอาญา ใช่หรือไม่
เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา ได้ จัดให้มีการประชุมร่วมกันของกรรมการกฤษฎีกา คณะที่ 1 และคณะที่ 2 เพื่อพิจารณาปัญหาข้อกฎหมายดังกล่าว
ปัญหานี้ ได้มีการเรียก ผู้แทนกระทรวงกลาโหม (สำนักงานปลัดกระทรวง) และผู้แทนสำนักงาน ป.ป.ช. เป็นผู้ชี้แจงรายละเอียด
คณะกรรมการฯ ได้ข้อเท็จจริงเป็นที่ยุติว่า กระทรวงกลาโหมไม่เคยสั่งพักราชการ พลเอก นิพนธ์ฯ ตามข้อบังคับกระทรวงกลาโหมว่าด้วยการสั่งให้ข้าราชการทหารพักราชการ พ.ศ. 2528 และยังไม่ได้ดำเนินการทางวินัยแก่ พลเอก นิพนธ์ฯ ตามมติของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ต่อมาคณะกรรมการ ป.ป.ช. ได้เสนอความเห็นไปยังนายกรัฐมนตรี เพื่อให้นายกรัฐมนตรีสั่งการตามที่เห็นสมควร ซึ่งนายกรัฐมนตรีได้มีคำสั่งให้ปลัดกระทรวงกลาโหมดำเนินการทางวินตัยแก่ พลเอกนิพนธ์ฯ ตามที่คณะกรรมการ ป.ป.ช.ชี้มูลความผิด
ล่าสุดปลายกันยายนที่ผ่านมา คณะกรรมการกฤษฎีกา มีคำวินิจฉัยดังนี้
ประเด็นที่หนึ่ง เห็นว่าความเห็นของคณะกรรมการกฤษฎีกา ครั้งแรก มิได้มีความหมายดังที่กระทรวงกลาโหมเข้าใจ
จริง ๆแล้ว ตามความเห็นของคณะกรรมการกฤษฎีกานั้น กระทรวงกลาโหมไม่มีอำนาจที่จะปลด พลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการภายหลังจากที่ พลเอกนิพนธ์ฯได้ออกจากประจำการไปแล้ว
ตามคำถามของกระทรวงกลาโหมในเรื่องดังกล่าว กระทรวงกลาโหม ถามเพียงว่าจะปลด พลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการภายหลังจากที่ พลเอกนิพนธ์ฯได้ออกจากประจำกการไปแล้ว
แต่ตามคำถามของกระทรวงกลาโหมในเรื่องดังกล่าว กระทรวงกลาโหมถามเพียงว่าจะปลด พลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการย้อนหลังไปถึงวันสุดท้ายของการรับราชการได้หรือไม่
ซึ่งคณะกรรมการกฤษฎีกาได้ให้ความเห็นในประเด็นนี้ว่า ถ้ากระทรวงกลาโหมเห็นว่าตนมีอำนาจที่จะปลดออกจากประจำการได้ ก็ต้องปลดออกโดยให้มีผลย้อนหลังไปถึงวันสุดท้ายของการรับราชการ
ทั้งนี้คณะกรรมการกฤษฎีกา 2 ชุด ยังคงมีความเห็นเดิม โดยยืนยันว่า กระทรวงกลาโหมไม่มีอำนาจที่จะปลดพลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการภายหลังจากที่พลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการไปแล้วได้ เนื่องจากมาตรา 57 แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2542 เป็นบทบัญญัติที่ให้อำนาจคณะกรรมการ ป.ป.ช.ดำเนินการไต่สวนข้อเท็จจริงเพื่อจะดำเนินคดีอาญา ดำเนินการทางวินัย หรือขอให้ทรัพย์สินตกเป็นของแผ่นดินต่อไปได้
แม้ผู้ถูกกล่าวหาจะพ้นจากตำแหน่งหรือพ้นจากราชการเพราะเหตุใด ๆ นอกจากถึงแก่ความตาย มิใช่เป็นบทบัญญัติที่ให้อำนาจผู้บังคับบัญชาที่จะดำเนินการทางวินัยแก่ผู้ถูกกล่าวหาต่อไปได้ การจะดำเนินการทางวินัยตามมติของคณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้เพียงใดและอย่างใด ต้องเป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับที่ใช้กับข้าราชการที่จะถูกดำเนินการทางวินัย
ส่วนมาตรา 92 และมาตรา 93 แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตฯ เป็นแต่เพียงบทบัญญัติที่ให้ผู้บังคับบัญชาพิจารณาโทษทางวินัยแก่ผู้ถูกกล่าวหาตามฐานความผิดที่คณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้มีมติโดยไม่ต้องแต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยอีกเท่านั้น
เมื่อพิจารณาพระราชบัญญัติรับราชการทหาร พ.ศ. 2497 พระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการทหาร พ.ศ. 2521 พระราชบัญญัติว่าด้วยวินัยทหาร พุทธศักราช 2476 ข้อบังคับกระทรวงกลาโหมว่าด้วยการบรรจุ ปลด ย้าย เลื่อน และลดตำแหน่งข้าราชการกลาโหม พ.ศ.2502 มติสภากลาโหมในการประชุมครั้งที่ 3/07 เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน 2507 ประกอบกับคำสั่งกองทัพบก ที่ 176/2508 ลงวันที่ 10 มิถุนายน 2508 เรื่องการหมุนเวียนกำลังพลที่กำหนดเหตุแห่งการปลดออกจากประจำการแล้ว ไม่พบว่ามีบทบัญญัติกำหนดให้ผู้บังคับบัญชามีอำนาจปลดทหารผู้กระทำผิดวินัยออกจากประจำการได้ในกรณีที่ทหารผู้นั้นออกจากราชการไปแล้ว
ยกเว้นกรณีตามข้อ 5 และข้อ 7 แห่งข้อบังคับกระทรวงกลาโหมว่าด้วยการสั่งให้ข้าราชการทหารพักราชการ พ.ศ.2528 ที่ให้ผู้บังคับบัญชามีอำนาจสั่งพักราชการ ข้าราชการทหารผู้ถูกฟ้องคดีอาญาหรือถูกกลาวหาว่ากระทำผิดอาญา ตลอดเวลาที่คดียังไม่ถึงที่สุดหรือตลอดเวลาที่พิจารณาสอบสวน ซึ่งหากปรากฏภายหลัวว่าข้าราชการทหารผู้นั้นได้กระทำความผิด ให้ผู้บังคับบัญชามีอำนาจสั่งให้ออกจากราชการโดยไม่มีเบี้ยหวัดบำเหน็จบำนาญโดยให้สั่งให้ออกตั้งแต่วันสั่งพักราชการได้
เมื่อข้อเท็จจริงปรากฏว่า กระทรวงกลาโหมไม่เคยสั่งพักราชการ พลเอกนิพนธ์ฯตามข้อบังคับกระทรวงกลาโหมว่าด้วยการสั่งให้ข้าราชการทหารพักราชการฯ ประกอบกับการปลดข้าราชการทหารออกจากประจำการ จะต้องเป็นข้าราชการทหารที่ประจำการอยู่ หากพ้นจากราชการแล้วก็ไม่อาจปลดออกจากประจำการได้โดยสภาพ ด้วยเหตุนี้ กระทรวงกลาโหมจึงไม่สามารถปลดพลเอกนิพนธ์ฯออกจากประจำการได้
ประเด็นที่สอง ในเรื่องการถอดยศพลเอกนิพนธ์ฯนั้น เมื่อมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติว่าด้วยวินัยทหารฯประกอบกับข้อ 2 แห่งระเบียบกระทรวงกลาโหมว่าด้วยผู้ซึ่งไม่สมควรจะดำรงอยู่ในยศทหารและบรรดาศักดิ์ พ.ศ.2507 และคำสั่งกระทรวงกลาโหม (ชี้แจง) ที่ 3/17275 เรื่องการถอดหรือการออกจากยศทหาร ลงวันที่ 28 สิงหาคม 2501 กำหนดให้ทหารที่กระทำผิดต่อวินัยทหารอาจถูกถอดจากยศทหารได้ และโดยที่ยศทหารเป็นยศที่ติดตัวทหารไม่ว่าจะอยู่ในประจำการหรือนอกประจำการ การถอดยศทหารจึงสามารถกระทำได้แม้ทหารผู้นั้นจะออกจากประจำการแล้ว
ส่วนจะต้องรอผลคดีอาญาให้ถึงที่สุดหรือไม่ ย่อมต้องเป็นไปตามเงื่อนไขที่กำหนดไว้ในข้อ 4 แห่งระเบียบกระทรวงกลาโหมว่าด้วยผู้ซึ่งไม่สมควรจะดำรงอยู่ในยศทหารและบรรดาศักดิ์ฯ ซึ่งกำหนดให้กรณีเฉพาะข้อ 2.1 ข้อ 2.2 และข้อ 2.3 เท่านั้นที่จะต้องถอดยศตั้งแต่วันที่ศาลมีคำพิพากษาถึงที่สุด
ส่วนกรณีอื่นระเบียบดังกล่าวมิได้กำหนดเป็นเงื่อนไขไว้ ดังนั้น หากกระทรวงกลาโหมจะดำเนินการถอดยศของพลเอกนิพนธ์ฯโดยอาศัยเหตุตามข้อ 2.9 คือ ประพฤติชั่วอย่างร้ายแรง กระทรวงกลาโหมย่อมสามารถดำเนินการได้โดยไม่ต้องรอผลคดีอาญาให้ถึงที่สุดเสียก่อน
ว้า...มีบุญหนักศักดิ์ใหญ่เป็นถึงรมต. กะลาโหม..ไม่มีอารมณ์ขันเลย
